扬州大学中医药学院办学历史最早可追溯至1950年创办的苏北卫生行政干部学校。1958年，学校升格为扬州医学专科学校，同期开办扬州中医专科学校（与扬州医学专科学校一套班子）。1959年8月，扬州中医专科学校并入扬州医学专科学校，设立中医学系。1984年，学校升格为本科院校，中医学系建设进入新的发展阶段。1992年，在扬6所高校合并组建扬州大学，中医学系建设依托综合性大学平台优势进入快速发展期。1994年，增设中医学（中西医结合方向）专业，并于1999年调整为中西医临床医学专业，学系相应更名为中西医结合学系，学系发展进入高质量发展阶段。2002年，扬州大学医学院成立药学系。2025年，学校深化医学部改革，原医学院中西医结合学系与药学系整合，成立扬州大学中医药学院。

学院坚持以提升人才培养质量为核心，全面构建“德术兼优、中西并重、医药融通、产教协同”的本科生人才培养模式。学院设有中西医临床医学和药学两个江苏省一流本科专业，并入选江苏省高校品牌专业建设工程。学院积极拓展优质实践教学基地，拥有扬州大学临床中医学院（扬州市中医院）、苏州中医院、盐城中医院、扬州大学附属昆山中医医院等十余家中西医临床专业实践教学与实习基地，形成贯穿见习、实习与轮转的临床训练链条，突出中医思维与现代临床能力并重。拥有苏中药业集团、江苏医联生物科技有限公司、扬州市食品药品检验检测中心等药学专业实践教学基地，强化药学理论突破与临床转化。着眼于广阔视野的高质量人才培养目标，学院积极拓展国内外高校联合培养新模式，与马来西亚拉曼大学、上海中医药大学等高校开展深度学术交换项目，构建“课程互认—学术互促—实践互通”的国际化人才培养机制。目前，在校本科生499人，其中中西医临床医学医学专业274人，药学专业225人。培养规模与质量稳步提升，毕业生在医疗、科研、药企等领域展现出较强竞争力和影响力，毕业生就业率连续保持100%。

学院拥有一支学术水平高、综合实力强的师资队伍。现有教职工65人，其中，专任教师52人，博士学位率100%。拥有教育部新世纪优秀人才2人，教育部首批全国高校教师党支部书记“双带头人”1人，第六批、第七批全国名老中医经验传承指导老师1人，江苏省名中医2人，江苏省“双创博士”3人，江苏省优秀青年中医药工作者3人，江苏省青蓝工程中青年学术带头人3人，江苏省中西医结合“十佳青年之星”2人，江苏省青年科技人才托举对象3人，江苏省中医药青年科技人才2人，扬州大学“高端人才支持计划”2人，扬州大学“青蓝工程”7人。

学院重视学科和学位点建设，中西医结合学科在“十一五”至“十三五”期间均为江苏省重点学科，“十四五”入选江苏省医学重点学科和校级重点学科；药学学科为 “十一五”至“十三五”校重点学科。中西医临床医学专业跻身软科“中国最好学科排行榜”。学院拥有中西医结合、中药学、药学等一级学科硕士学位授权点3个，以及中医、中药学、药学硕士专业学位类别3个，目前在校研究生181人；并设有中西医结合博士后流动站1个，在站博士后30人，其中全职博士后8人。

学院聚焦中医药科技前沿，承担各级各类科研项目100余项，其中国家自然科学基金40余项，发表学术论文500余篇，授权国家发明专利40余项。多项成果获江苏省科学技术进步三等奖、江苏中医药科学技术一等奖、三等奖等荣誉。学院现有国家中医药管理局胃癌毒邪论治重点研究室1个，中西医结合老年病防治省高校重点实验室1个，并建有中医技能实训中心、药学教学实验中心、扬州大学中西医结合研究所及扬州市科学技术协会科普基地-中医馆等多个教学科研平台。

新征程，新使命，全院师生将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉承“坚苦自立”校训，弘扬“厚德惠生、博极医源”精神，践行“传承精华、守正创新”理念，深化医教协同、产教融合、科教融汇，构建具有中医药特色、扬大风格的高水平人才培养体系与创新服务体系，为中医药振兴发展与健康中国建设贡献力量。